L'ensemble du détroit de Belle-Isle (X3-4) se sépare rapidement des autres, en partie sans doute à cause d'un échantillon insuffisant (n = 29). Les milieux côtiers semi-fermés du sud du golfe (baie des Chaleurs et détroit de Northumberland) se détachent ensuite, suivis de l'estuaire salé. On voit que les ensembles plus pauvres sont aussi les moins similaires puisqu'ils se séparent rapidement du noyau compact du dendrogramme. Les groupes suivants ressortent ensuite : les chenaux profonds, la plate-forme de la Madeleine, le secteur de Natashquan, le complexe de la Basse-Côte-Nord, Terre-Neuve et le complexe d'Anticosti. À l'exception de la position incertaine du détroit de Belle-Isle, le groupement met en évidence un gradient amont-aval (estuaire-golfe), un gradient nord-sud et un gradient de profondeur (plateaux-chenaux).