En gros, le Saint-Laurent dulcicole se compose du tronçon fluvial proprement dit, en amont, et de l'estuaire d'eau douce en aval. Pour l'étude de la biodiversité aquatique, on peut y ajouter l'estuaire saumâtre qui marque la transition vers le milieu marin et qui accueille plusieurs espèces dulcicoles. À une échelle plus fine, de l'ordre du 1/1 000 000, se distinguent les lacs fluviaux, très élargis, reliés par des bandes allongées et plus étroites. À un niveau de perception encore plus détaillé, commencent à apparaître les zones à faciès lentiques et lotiques, de même que les principales ruptures de pente qui les séparent. C'est à cette échelle que sont définis les ensembles hydrographiques du Saint-Laurent.

La définition des ensembles du tronçon fluvial a débuté par une cartographie des ruptures de pente majeures du profil longitudinal du fleuve avec, en parallèle, une analyse de groupement des stations du réseau limnimétrique à partir des mesures de niveau d'eau et de débit. Les stations avec un régime hydrologique quasi uniforme ont ainsi été regroupées ensemble. L'analyse spatiale simultanée des ruptures de pentes et des groupes de stations a permis de définir des ensembles hydrographiques qui intègrent plusieurs dimensions du paysage fluvial, comme la forme du cours d'eau, le faciès à dominance lentique ou lotique et l'apport des tributaires. Dans l'estuaire d'eau douce, soumis au flux et au reflux des marées, seul le critère de rupture de pente a été retenu.
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